第三季开始于上一季的三个月后，为了自己儿子的回来，强纳森去到山洞里，暂时得到了超人的能力，最终使儿子回到身边。克拉克和拉娜的感情一样起起落落，而他又学会了新的技能，离成为真正的超人只有一步之遥了！在最后一集，出现了一个神秘的女孩，她拥有比克拉克强大白倍的能力，她是来接克拉克回自己星球的。看着父亲因为自己受伤，他终于跟着女孩离开了。这季的结尾是伤感的，拉娜去了巴黎，克洛伊和她的爸爸在搬进新居后房子就爆炸了，而皮提也离开了SMALLVILLE。
第三季剧情紧凑、高潮不断，内容包括克拉克面对自己的黑暗面...及强纳森与乔艾尔為了救他的儿子而达成的协议。其他精彩内容包括：佩利怀特与邪恶的摩根首度登场。克拉克学习使用一种新的超能力。克洛提到一号叫露易丝连恩的人物。克拉克身阶之谜让彼得备受歷克力，在莱克斯脑中挥之去，并在拉娜和克拉克之间筑起一道高墙...
超人，你还会回来吗？
